Die KHR ist eine permanente, selbständige, internationale Kommission und nimmt ihre Aufgaben im ganzen Rheingebiet wahr. Sie hat den Status einer Stiftung, die in den Niederlanden eingetragen ist.
Die KHR setzt sich zusammen aus Ständigen Vertretern der Mitgliedsländer (Koordinatoren) und einem Sekretariat. Die Ständigen Vertreter sorgen für die sachgerechte Einbeziehung der nationalen, für die Wasserwirtschaft maßgebenden wissenschaftlichen, staatlichen und nichtstaatlichen Organisationen.
Die Präsidentschaft wechselt unter den Mitgliedsländern. Der Präsiden unterstützt die Arbeiten der KHR, setzt neue Impulse, vertritt die Kommission nach außen und leitet die Sitzungen der Kommission.
Das Sekretariat hat seinen Sitz in den Niederlanden bei RIZA (Staatliches Amt für Integralverwaltung der Binnengewässer und für Abwasserreinigung). Der Sekretär unterstützt den Präsidenten bei seinen Tätigkeiten und unterstützt die Arbeitsgruppen und Rapporteure.
Die KHR tagt zweimal pro Jahr. Die Kommission:
Die KHR stimmt ihre Tätigkeit mit anderen internationalen Organisationen ab, im besonderen mit jenen des Rheingebietes. Der Sekretär der Internationalen Kommission zum Schutze des Rheins (IKSR) nimmt an den Sitzungen der KHR teil. Mitglieder der KHR engagieren sich in Arbeitsgruppen der IKSR.